由于管道堵塞引起空調水系統不能正常工作，也是常見的弊病。在調試和試運行過程中往往發現某些房間空調使用效果很差，甚至沒有效果。經查找，發現很多情況是由于施工用的麻絲、鐵屑粉末等雜物堵塞管道而引起的。所以，管道系統的清洗工作直接關系到空調系統能否正常工作，應從下列幾個方面加以注意。
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1、首先在設計上，應考慮在管網最低處設置大口徑排污閥，便于清洗時排污。如果設計上在管網頂部采用自動排氣閥，施工單位在管網清洗前不要急于把排氣閥安裝上去，這樣便于注水時滿灌及排污時將管內水盡快排凈。
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2、在主要設備及末端裝置進水管上設“Y”型過濾器，避免管網內雜物進入設備及末端裝置，引起堵塞報廢。對于吊頂內風機盤管的過濾器最好安裝于集水盤內，便于拆洗。如集水盤不夠大可要求生產廠家適當加大;如做不到這點，那么在保溫時，過濾器堵蓋部分應做成可拆式保溫，便于以后維護中拆洗過濾器。
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3、對主要設備的進、出水管間可安裝短路閥，沖洗時關閉進、出水閥，打開短路閥即可對整個管網進行系統沖洗。而對于末端裝置是風機盤管，由于安裝空間原因安裝短路閥會有困難，可在供、回水干管上考慮便于沖洗的措施。如在供水干管末端及回水干管首端設置沖洗閥，對供水和回水的水平干管分別沖洗，沖洗時注意沖洗方向應與系統運行時水流方向一致。
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4、在每層水平干管上設排空閥，便于分層沖洗放空及以后日常維護。
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5、對水質應定期監測，避免因冷熱水污染堵塞末端裝置和腐蝕管道。對于冷凍水系統，從設計上最好考慮安裝電子除垢裝置，并對水質每年作穩定處理，對冷卻水系統也應每年進行水質處理。
